Guru Besar Islam dan politik Pascasarjana UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta, yang sekarang juga melaksanakan tugas tambahan sebagai Dekan Fakultas Studi Islam Universitas Islam Internasional Indonesia. Setelah menyelesaikan pendidikan doktoralnya di Universitas Utrecht Belanda (2005), ia memperluas pengalaman akademik dengan menjadi post-doc fellow, research fellow dan visiting research fellow di NUS, KITLV Leiden, NTU dan Clingendael Instituut Den Haag. Setelah kembali ke lembaga asal, Noorhaidi dipercaya menjadi Kepala Pusat Penelitian Agama dan Masyarakat (2011), Dekan Fakultas Syariah dan Hukum (2011-2015) dan Direktur Pascasarjana (2015-2021). Pada 2014 ia dikukuhkan sebagai Guru Besar di almamaternya. Di tengah kesibukannya Noorhaidi menyempatkan diri untuk menjadi dosen dan profesor tamu di luar negeri, antara lain di Leiden, Singapura, Tokyo, Paris, Nijmegen, Vienna, dan baru-baru ini di Edinburgh. Noorhaidi juga aktif mempresentasikan paper di berbagai seminar, workshop, dan konferensi dalam dan luar negeri, maupun pertemuan-pertemuan dan diskusi ahli yang diadakan beberapa kementerian dan lembaga negara. Pada 2021 ia dikukuhkan menjadi anggota Komisi Kebudayaan Akademi Ilmu Pengetahuan Indonesia.