Profesor M. Amin Abdullah, lahir di Margomulyo, Tayu, Pati, Jawa Tengah, pada tanggal 28 Juli 1953. Menyelesaikan pendidikan di Kulliyat Al-Mu’allimin Al-Islamiyyah (KMI), Pesantren Gontor Ponorogo pada tahun 1972 dan Program Sarjana (Bakalaureat) di Institut Pendidikan Darussalam (IPD) pada tahun 1977 di pesantren yang sama. Menyelesaikan Program Sarjana di Fakultas Ushuluddin, Jurusan Perbandingan Agama, IAIN Sunan Kalijaga Yogyakarta, pada tahun 1982. Dengan beasiswa dari Departemen Agama dan Pemerintah Republik Turki, mulai tahun 1985 ia menempuh program Doktor (Ph.D.) dalam bidang Filsafat Islam di Departemen Filsafat, Fakultas Seni dan Ilmu Pengetahuan, Universitas Teknik Timur Tengah (METU), Ankara, Turki (1990). Mengikuti Program Pascadoktoral di Universitas McGill, Kanada (1997-1998).
Disertasinya, The Idea of ??University of Ethical Norms in Ghazali and Kant, diterbitkan di Turki (Ankara: Turkiye Diyanet Vakfi, 1992). Karya ilmiah lainnya yang telah diterbitkan antara lain: Filsafat Kalam di Era Postmodernisme (Yogyakarta: Student Pustaka, 1995); Studi Agama: Normativitas atau Historisitas (Yogyakarta: Student Library, 1996). Dinamika Islam Budaya: Pemetaan Wacana Islam Kontemporer, (Bandung, Mizan, 2000); Antara al-Ghazali dan Kant: Filsafat Etika Islam, (Bandung: Mizan, 2002) dan Pendidikan Agama di Era Multikultural dan Multireligius, (Jakarta: PSAP Muhammadiyah, 2005). Sementara itu, karya-karya terjemahan yang diterbitkan adalah Agama dan Akal: Naluri Ketakutan dan Keadaan Jiwa Manusia (Jakarta: Rajawali, 1985); Pengantar Filsafat Islam: Abad Pertengahan (Jakarta: Rajawali, 1989).
Beliau menjabat sebagai Ketua Persatuan Pelajar Indonesia (PPI) di Turki pada tahun 1986–1987. Sambil memanfaatkan liburan musim panas, beliau bekerja paruh waktu di Konsulat Jenderal Republik Indonesia, Sekretariat Badan Urusan Haji, di Jeddah (1985 dan 1990), Mekah (1988), dan Madinah (1989), Arab Saudi. Saat ini, sebagai dosen tetap di Fakultas Ushuluddin, staf pengajar di Program Doktor Pascasarjana IAIN (sekarang UIN) Sunan Kalijaga, IAIN Sunan Ampel Surabaya, Universitas Islam Indonesia, Program Magister di UIN Sunan Kalijaga, Program Filsafat, Fakultas Filsafat dan Ilmu Sastra (Studi Timur Tengah), Fakultas Sastra, Universitas Gadjah Mada, Yogyakarta. Pada tahun 1993-1996, beliau menjabat sebagai Asisten Direktur Program Pascasarjana IAIN Sunan Kalijaga; 1992-1995 menjabat sebagai Wakil Kepala Lembaga Studi dan Praktik Islam (LPPI) Universitas Muhammadiyah Yogyakarta. Pada tahun 1998-2001 menjabat sebagai Wakil Rektor I (Bidang Akademik) di almamaternya, IAIN Sunan Kalijaga. Pada Januari 1999 ia mendapat kehormatan menjadi Profesor dalam bidang Filsafat. Dari tahun 2002-2005 menjabat sebagai Rektor IAIN/UIN Sunan Kalijaga. Pada periode 2005-2010, beliau menjabat sebagai Rektor UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta untuk periode kedua.
Di lingkungan organisasi kemasyarakatan, beliau pernah menjabat sebagai Ketua Divisi Umat, ICMI, Wilayah Khusus Yogyakarta, pada periode 1991–1995. Setelah Kongres Muhammadiyah ke-83 di Banda Aceh tahun 1995, beliau diberi mandat sebagai Ketua Dewan Tarjih dan Pengembangan Pemikiran Islam, Pimpinan Pusat Muhammadiyah (1995-2000). Kemudian beliau terpilih sebagai salah satu Pimpinan Pusat Muhammadiyah, Wakil Ketua (2000-2005).
Tulisan-tulisannya dapat ditemukan di berbagai jurnal ilmiah, termasuk Ulumul Qur’an (Jakarta), Al-Jami’ah: Jurnal Studi Islam (Yogyakarta), dan beberapa jurnal ilmiah Islam lainnya. Selain itu, beliau juga aktif mengikuti seminar-seminar di dalam dan luar negeri. Seminar internasional yang pernah dihadirinya antara lain: “Populasi di Dunia Islam”, Badan Kependudukan Universitas Al-Azhar, Kairo, Juli 1992; tentang “Da’wah Islam”, Pemerintah Republik Turki, Oktober 1993; Lokakarya Program Dewan Agama ASEAN (MABIM), Pemerintah Malaysia, di Langkawi, Januari 1994; “Islam dan Abad ke-21”, Universitas Leiden, Belanda, Juni 1996; “Tafsir Al-Qur’an di Ambang Abad ke-21”, Universitas Leiden, Juni 1998; “Islam dan Masyarakat Sipil: Pesan dari Asia Tenggara”, Tokyo, Jepang, 1999; “Sejarah Islam dan Pembangunan Identitas”, Tripoli, Libya, 2000; “Konferensi Antikorupsi Internasional”, Seoul, Korea Selatan, 2003; Persiapan untuk Seminar “Cakrawala Baru dalam Pemikiran Islam”, London, Agustus 2003; “Masalah Gender dalam Islam”, Kuala Lumpur, Malaysia, 2003; “Dakwah dan Penyebaran Otoritas Agama Islam di Indonesia Kontemporer”, Leiden, Belanda, 2003.